1. Projekt programu ochrony wód morskich opracowują Wody Polskie w uzgodnieniu z Ministrem Obrony Narodowej, ministrem właściwym do spraw gospodarki wodnej, ministrem właściwym do spraw gospodarki, ministrem właściwym do spraw gospodarki morskiej, ministrem właściwym do spraw klimatu, ministrem właściwym do spraw rolnictwa, ministrem właściwym do spraw rybołówstwa, ministrem właściwym do spraw środowiska, ministrem właściwym do spraw wewnętrznych oraz ministrem właściwym do spraw zdrowia.
2. Na potrzeby opracowania projektu programu ochrony wód morskich Wody Polskie, na rok przed przystąpieniem do jego opracowania, przekazują organom, o których mowa w ust. 1, zakres informacji niezbędnych do przygotowania opisu działań planowanych do określenia w programie ochrony wód morskich oraz informują o terminie przystąpienia do opracowania tego programu.
3. Organy, o których mowa w ust. 1, każdy w zakresie swojej właściwości, przygotowują i przekazują Wodom Polskim, nie później niż na 6 miesięcy przed terminem opracowania projektu programu ochrony wód morskich, propozycję działań planowanych do określenia w programie ochrony wód morskich, wskazując w niej:
1) rodzaj tych działań (prawne, administracyjne, ekonomiczne, edukacyjne, kontrolne);
2) sposób wdrożenia tych działań oraz koszty i korzyści z nich wynikające.
4. Organy, o których mowa w ust. 1, przekazują Wodom Polskim, wraz z propozycją działań wskazaną w ust. 3, dane stanowiące podstawę do jej przygotowania.
5. Wody Polskie przekazują projekt programu ochrony wód morskich ministrowi właściwemu do spraw gospodarki wodnej.
6. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej, opracowując projekt programu ochrony wód morskich, zapewnia możliwość udziału społeczeństwa na zasadach i w trybie określonych w przepisach ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnianiu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko.
7. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej uzgadnia zakres i sposób uwzględnienia uwag do projektu programu ochrony wód morskich z Ministrem Obrony Narodowej, ministrem właściwym do spraw gospodarki, ministrem właściwym do spraw gospodarki morskiej, ministrem właściwym do spraw klimatu, ministrem właściwym do spraw rolnictwa, ministrem właściwym do spraw rybołówstwa, ministrem właściwym do spraw środowiska, ministrem właściwym do spraw wewnętrznych i ministrem właściwym do spraw zdrowia.
8. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej uzgadnia projekt programu ochrony wód morskich z członkami Rady Ministrów.
9. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej przedkłada Komisji Europejskiej oraz zainteresowanym państwom członkowskim Unii Europejskiej projekt programu ochrony wód morskich. Projekt programu ochrony wód morskich jest przedkładany w terminie 3 miesięcy od dnia jego uzgodnienia z członkami Rady Ministrów.
10. Program ochrony wód morskich jest przyjmowany, jeżeli w terminie 6 miesięcy od dnia przedłożenia jego projektu Komisja Europejska nie odrzuci projektu programu ochrony wód morskich w całości albo w części.
11. Rada Ministrów przyjmuje, w drodze rozporządzenia, program ochrony wód morskich, uwzględniając stanowisko Komisji Europejskiej oraz kierując się powszechnym charakterem tego programu.
12. Jeżeli Komisja Europejska odrzuci projekt programu ochrony wód morskich w części, minister właściwy do spraw gospodarki wodnej opracowuje poprawiony projekt programu ochrony wód morskich, uwzględniając stanowisko Komisji Europejskiej. Do poprawionego projektu programu ochrony wód morskich stosuje się odpowiednio przepisy ust. 1 i 8–11.
13. Jeżeli Komisja Europejska odrzuci projekt programu ochrony wód morskich w całości, opracowuje się nowy projekt programu ochrony wód morskich zgodnie z ust. 1–12 i art. 159.
14. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej przedkłada Komisji Europejskiej sprawozdanie o postępach we wdrażaniu programu ochrony wód morskich. Sprawozdanie jest przedkładane w terminie 3 lat od dnia przyjęcia programu ochrony wód morskich, a następnie po każdej aktualizacji tego programu.
15. Program ochrony wód morskich podlega przeglądowi co 6 lat i w razie potrzeby aktualizacji.
16. Aktualizacje programu ochrony wód morskich nie mogą uniemożliwiać osiągnięcia lub utrzymania dobrego stanu środowiska wód morskich w regionie morskim innym niż region Morza Bałtyckiego.
17. Przepisy ust. 1–13 stosuje się odpowiednio do aktualizacji programu ochrony wód morskich.
18. Minister właściwy do spraw gospodarki wodnej informuje Komisję Europejską, Komisję Ochrony Środowiska Morza Bałtyckiego i zainteresowane państwa członkowskie Unii Europejskiej o przyjęciu programu ochrony wód morskich oraz jego aktualizacji. Informacja jest przekazywana w terminie 3 miesięcy od dnia przyjęcia programu ochrony wód morskich lub dokonania aktualizacji tego programu.
19. Jeżeli minister właściwy do spraw gospodarki wodnej stwierdzi wystąpienie problemu, który negatywnie oddziałuje na środowisko wód morskich i nie może zostać rozwiązany za pomocą działań określonych w programie ochrony wód morskich lub który jest powiązany z inną niż ochrona środowiska wód morskich polityką Unii Europejskiej lub umową międzynarodową, której Rzeczpospolita Polska jest stroną, informuje Komisję Europejską o takim problemie i przekazuje uzasadnienie swojego stanowiska po uzyskaniu zgody Rady Ministrów wyrażonej w drodze uchwały.
20. Jeżeli minister właściwy do spraw gospodarki wodnej stwierdzi, że wystąpienie problemu, o którym mowa w ust. 19, wymaga podjęcia działań przez właściwe organy Unii Europejskiej, występuje do Komisji Europejskiej i Rady Unii Europejskiej o podjęcie w tym zakresie odpowiednich działań po uzyskaniu zgody Rady Ministrów wyrażonej w drodze uchwały.