1. Organem właściwym w sprawach opłaty emisyjnej jest naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celno-skarbowego i dyrektor izby administracji skarbowej.
2. Organami właściwymi miejscowo w sprawach opłaty emisyjnej są odpowiednio:
1) naczelnik urzędu skarbowego właściwy miejscowo w sprawach podatku akcyzowego oraz dyrektor izby administracji skarbowej właściwy dla tego naczelnika – w przypadkach, w których obowiązanymi do zapłaty opłaty emisyjnej są podmioty, o których mowa w art. 321c ust. 1 pkt 1 i 3, oraz podmiot, o którym mowa w art. 321c ust. 1 pkt 4 – jeżeli podlega on na podstawie przepisów o podatku akcyzowym obowiązkowi podatkowemu w zakresie podatku akcyzowego od paliw silnikowych z innego tytułu niż import;
2) naczelnik urzędu celno-skarbowego właściwy ze względu na miejsce powstania długu celnego oraz dyrektor izby administracji skarbowej właściwy dla tego naczelnika – w przypadku, w którym obowiązanym do zapłaty opłaty emisyjnej jest podmiot, o którym mowa w art. 321c ust. 1 pkt 2, oraz podmiot, o którym mowa w art. 321c ust. 1 pkt 4 – jeżeli podlega on na podstawie przepisów o podatku akcyzowym obowiązkowi podatkowemu w zakresie podatku akcyzowego od paliw silnikowych z tytułu importu.