1. Do zadań Naczelnego Lekarza należy:
1) pełnienie funkcji odwoławczych od orzeczeń lotniczo-lekarskich wydawanych przez centra medycyny lotniczej oraz lekarzy orzeczników medycyny lotniczej;
2) sprawowanie nadzoru nad działalnością centrów medycyny lotniczej oraz lekarzy orzeczników medycyny lotniczej;
3) wnioskowanie do Prezesa Urzędu o wydanie certyfikatu centrum medycyny lotniczej;
4) wnioskowanie do Prezesa Urzędu o wydanie lekarzowi orzecznikowi medycyny lotniczej certyfikatu zgodnie z przepisami prawa Unii Europejskiej w zakresie medycyny lotniczej;
5) wnioskowanie do Prezesa Urzędu o wydanie, cofnięcie albo zawieszenie lekarzowi orzecznikowi medycyny lotniczej upoważnienia do przeprowadzania badań lotniczo-lekarskich do:
a) świadectw kwalifikacji,
b) licencji wydawanych dla specjalności personelu lotniczego, o których mowa w art. 94 ust. 6 pkt 1 lit. j, k, r i s oraz pkt 5;
6) dokonywanie kontroli działalności podmiotów, o których mowa w art. 106 ust. 1;
7) zatwierdzanie i wdrażanie programu szkolenia dla kandydatów na lekarzy orzeczników medycyny lotniczej;
8) organizowanie szkoleń dla kandydatów na lekarzy orzeczników medycyny lotniczej lub lekarzy orzeczników medycyny lotniczej.
2. Naczelny Lekarz ma prawo przetwarzać dane medyczne członków i kandydatów na członków personelu lotniczego oraz członków i kandydatów na członków personelu pokładowego wyłącznie na potrzeby wykonywanych badań oraz prowadzonych postępowań.
3. Regulamin działania Naczelnego Lekarza ustala Prezes Urzędu.