1. Czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać w odniesieniu do:
1) mikroprzedsiębiorców – 6 dni roboczych;
2) małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych;
3) średnich przedsiębiorców – 24 dni roboczych;
4) pozostałych przedsiębiorców – 48 dni roboczych.
2. Przepisu ust. 1 nie stosuje się, jeżeli:
1) ratyfikowane umowy międzynarodowe albo bezpośrednio stosowane przepisy prawa Unii Europejskiej stanowią inaczej;
2) przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;
3) przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska;
4) kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów;
5) kontrola jest prowadzona na podstawie art. 23b lub art. 23r ust. 1 ustawy z dnia 10 kwietnia 1997 r. – Prawo energetyczne;
6) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;
7) przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa Unii Europejskiej o ochronie konkurencji lub przepisów prawa Unii Europejskiej w zakresie ochrony interesów finansowych Unii Europejskiej;
8) kontrola dotyczy podmiotów, którym na mocy odrębnych przepisów właściwy organ wydał decyzję o uznaniu prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi – w zakresie związanym z wykonaniem tej decyzji;
9) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym;
10) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków poniesionych w związku z budową pierwszego własnego mieszkania;
11) kontrola jest kontrolą amerykańskich rachunków raportowanych uregulowaną w ustawie z dnia 9 października 2015 r. o wykonywaniu Umowy między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Rządem Stanów Zjednoczonych Ameryki w sprawie poprawy wypełniania międzynarodowych obowiązków podatkowych oraz wdrożenia ustawodawstwa FATCA.
3. Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe jedynie z przyczyn niezależnych od organu kontroli i wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie doręcza się przedsiębiorcy. Przedłużenie czasu trwania kontroli nie może naruszać terminów, o których mowa w ust. 1.
4. Przedłużenie czasu trwania kontroli możliwe jest także, jeżeli w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego w wysokości przekraczającej równowartość 10 % kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego, jednak nie niższej niż 500 złotych, lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej równowartość 50 % kwoty zadeklarowanej straty, jednak nie niższej niż 2500 złotych, albo w przypadku ujawnienia faktu niezłożenia deklaracji pomimo takiego obowiązku.
5. Organ kontroli zawiadamia przedsiębiorcę o ujawnionych okolicznościach, o których mowa w ust. 4, jednocześnie wskazując zgromadzony w tym zakresie materiał dowodowy. Uzasadnienie przedłużenia czasu trwania kontroli doręcza się przedsiębiorcy.
6. Czas trwania kontroli, o której mowa w ust. 4, nie może spowodować przekroczenia odpowiednio dwukrotności czasu określonego w ust. 1.
6a. Przedłużenie czasu trwania kontroli u mikroprzedsiębiorcy jest możliwe, jeżeli po zakończeniu przeprowadzania czynności kontrolnych w siedzibie przedsiębiorcy lub miejscu wykonywania działalności gospodarczej pozostały do przeprowadzenia jedynie czynności kontrolne związane z gromadzeniem i analizą dokumentów związanych z przedmiotem kontroli oraz sporządzenie protokołu kontroli. Czynności te mogą być przeprowadzane w siedzibie organu kontroli lub w sposób zdalny, o którym mowa w art. 51 ust. 3a, bez zgody przedsiębiorcy. Przedłużenie to nie może spowodować przekroczenia dwukrotności czasu określonego w ust. 1 pkt 1.
7. Jeżeli wyniki kontroli wykazały rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, można przeprowadzić powtórną kontrolę w tym samym zakresie przedmiotowym w danym roku kalendarzowym, a czas jej trwania nie może przekraczać 7 dni. Czasu trwania powtórnej kontroli nie wlicza się do czasu, o którym mowa w ust. 1.